Dengan dibubarkannya VOC, maka mulai terjadi perubahan politik pemerintahan diIndonesia. Kepulauan Indonesia yang dikuasai VOC, berganti diperintah dan dijajah oleh pemerintah Belanda. Untuk menjalankan pemerintahan kolonial di Indonesia diangkatlah seorang gubernur jenderal. Gubernur jenderal ini berkuasa di Indonesia atas nama pemerintah di negeri Belanda.
Dalam usaha mengadakan pembaharuan pemerintahan di tanah jajahan, di Negeri Belanda ada dua golongan yang mengusulkannya.
1) Golongan konservatif dengan tokohnya Nenenberg menginginkan untuk mempertahankan sistem politik dan ekonomi seperti yang dilakukan oleh VOC.
2) Golongan liberal dengan tokohnya Dirk van Hogendorp menghendaki agar pemerintah Hindia Belanda menjalankan sistem pemerintahan langsung dan menggunakan sistem pajak. Sistem penyerahan paksa yang dilakukan oleh VOC agar digantikan dengan sistem penyerahan pajak.
Dengan diangkatnya Gubernur Jendral di Indonesia terbentuklah pemerintahan Kolonial Belanda di Indonesia
1) Pemerintahan Daendels (1808-1811)
Untuk menjalankan pemerintahan di Indonesia diangkatlah gubenur jendral
Daendels. Daendels tiba di Indonesia pada tanggal 1 Januari 1808. Daendels kemudian
mengadakan banyak tindakan. Salah satu tindakan Daendels yang terkenal adalah dalam
bisang sosial ekonomi. Beberapa tindakan itu antara lain sebagai berikut.
- Meningkatkan usaha pemasukan uang dengan cara pemungutan pajak.
- Meningkatkan penanaman tanaman yang hasilnya laku di ‘pasaran dunia.
- Rakyat masih diharuskan melaksanakan penyerahan wajib hasil pertaniannya.
- Untuk menambah pemasukan dana, juga telah dilakukan penjualan tanah-tanah
kepada pihak swasta.
- Membangun jalan Anyer – Panarukan, Jawa Barat
Beberapa tindakan Daendels telah menyebabkan kesengsaraan rakyat. Kesewenangwenangan Daendels dan penderitaan rakyat itu telah menimbulkan protes dan perlawanan rakyat. Tindakan sewenang-wenang Daendels itu segera didengar oleh
pernerintahan di negeri Belanda. Daendels akhirnya dipanggil pulang ke Belanda
2) Pemerintahan Janssen (1811)
Sebagai pengganti Danedels dikirimlah Jan Willem Janssen. Ia mulai menjabat
Gubernur Jenderal Hindia Belanda di Jawa tahun 1811. Ia kemudian memperbaiki
keadaan yang ditinggalkan oleh Daendels. Namun Daerah Kepulauan Maluku sudah
berhasil direbut oleh Inggris. Bahkan secara de facto daerah kekuasaan Hindia Belanda di masa Janssen itu tinggal daerah-daerah tertentu, misaInya Jawa, Makasar, dan Palembang.
